ゲノムフォーラム二日目はome研究のon parade
メモを記す。
- 藤山先生
国立情報学研究所の人。チンパンジーは進化の隣人。ゴリラより近い数百万年。先進国で猿がいるのは日本だけ。チンパンジーの全ゲノムのdraftがわかったのは2005.08人間の全ゲノム(finished)がわかったのは2004.10,1.23％の塩基置換はほぼ平等に全ゲノムにある。ジャンク領域（＝役に立たないということではない。）68,000箇所に挿入欠失があった。
- 北野先生
システムバイオロジーの現状と展望。遺伝子/タンパク質+たんぱく質。ものの科学からことの科学へ。生命科学の成功はたんぱくという物に還元できたが。サイバネティックス(1950s).2001年に本を書いた。2002にnature,Scienceにシステムバイオロジーの会議。Molecular system biologyという雑誌が発行された。創薬に応用が差し掛かってきた。電気回路に相当するものが必要。Interaction Mapping Project.ゲノム解析
理路的基礎、生物学的頑健性理論Nature Reviews Genetcs,Nov.2004進化するために頑健である必要がある、頑健であると進化する。蝶ネクタイ型の回路。Oda,etal.Molecular Systems Biology,ロバスト性はどこかにどこかにFragilityをはらんでいる。ガンがそれで直る可能性を秘めている。システム創薬
- 横山茂之先生
たんぱく3000プロジェクト、結晶化がボトルネック。ＮＭＲは結晶化しなくて良いので良い。分子量20k~30kしかできない。無細胞たんぱく合成系。3000,構造解析を進めている。Thermus thermophilus HB8は大腸菌の半分くらいしか遺伝子がない。ネットワークとして理解（言葉に意味がない）。話は面白くない。特定のたんぱく質を調べることに意味があるのかないのか？人気のあるたんぱく質の構造決定は国際的競争。NMRとX線の構造予測の結果はほぼ一致。
- 五條堀（遺伝研）先生
ひと遺伝子の統合データベースDnaDataBankJapan,膨張し続ける生命情報はどこに保存されているのか？アメリカが70%のエントリーを確保している。Nature2005Augusgt11にイネのデータ。バイオインフォマティクスをデータベースから行う。グリッドコンピューティング。37万ORFの総当り比較により水平遺伝子は14,15%あるということ。TranscriptionFactorは高い相同性がある。transcription landscape nature 2005.3次元のデータベース
- 榊(GSC)先生
白髪のおじさま、windows,ゲノムと言う言葉を1987年は皆知らなかった。マルゲ。ゲノムと機能をつなぐネットワークが重要。人の転写制御ネットワーク解明を目指す。中核機関・と個別研究の協力。完全長cDNA、転写因子相互作用、プロモータ解析、ツーハイ。桁が多い、まさにome主義。内容が生物学実験に基づいたマニアックすぎる。脂肪・骨芽細胞ネットワーク。
